古代チャモロ人がこの島々に移住したのは紀元前16世紀頃と言われており、アジア大陸、島嶼経由でカヌーなどで渡ったと想像されている。
9世紀頃には、テニアン島を中心として『タガ王朝』が誕生された。
この王朝について詳細は分かってはいないが、主要な島には「ラッテストーン」と呼ばれる遺跡群が残されている。16世紀頃、マリアナ南部にあるカロリン諸島に住むカロリニアンと交易が始まった。

1521年3月6日にマゼランがヨーロッパ人として初めてマリアナ諸島を発見し、1565年にはマリアナ諸島の領有を西欧諸国に布告した。それ以降、3世紀に渡りスペインの統治下にあった。
1668年にイエズス会のサンヴィトレス神父を長とする伝道使節団がマリアナ諸島のグアム島に来訪して以来、マリアナ諸島全域で住民のキリスト教化が始まった。当初の布教は順調であったが、先住民の習慣に干渉する神父たちに島民は反感を抱くようになり、1670年1月にサイパン島で先住民による伝道師殺害事件が起きた。
その後、1695年にスペインはサイパン以北のマリアナ諸島の先住民をサイパン島に強制移住させたが、それらの島民も1698年にサイパン島に元からいた先住民と共にグアム島へ強制移住させられ、サイパン島は一時無人島となった。
その後100年以上無人島となったが、1815年にはカロリン諸島のサタワル島から酋長アグルブに率いられた一団が移住し、更にスペインは、チャモロ人の帰島を認めたため再び同島は有人島となった。

1898年に、米西戦争でスペインの支配は終わりドイツに売却される。ドイツは、本国から遠く離れたこの島の開拓および先住民への教育政策を放棄したのみならず、同島を流刑地に選んだ。その結果、スペインの政策の下で再度有人島となり、スペイン人とチャモロ人による開発が進み始めたサイパン島内は、一転して荒廃が進むことになる。

1914年（大正3年）7月、第一次世界大戦が勃発し、10月14日には連合国の主要構成国として参戦した日本軍がドイツ軍を放逐し、赤道以北の南洋諸島全体を占領した。大戦終結後に日本とイギリス、アメリカ、フランス、イタリアの戦勝国（五大国）が主導して行われたパリ講和会議の結論を受けて、1920年（大正9年）に日本の委任統治領となり、南洋庁サイパン支庁が設置された。
当時の記述は彩帆島。日本の委任統治開始後は、これまでサイパンを支配していたドイツが放棄していた都市開発や公衆衛生、産業振興、地元民への教育政策が急速に推進された。
日本による委任統治領となった後は、サイパン島は内地から南洋への玄関口として栄え、サイパンで産出された砂糖の積み出し港としての役割にとどまらず、同じく日本の委任統治領であるパラオやマーシャル諸島、カロリン諸島などとの間での貿易の中継地点としても発展した。この時期には、プランテーションにおける労働力、港湾荷役労働者、貿易商、行政官吏として、日本（主に沖縄県出身者）や台湾、朝鮮からの移民が移住した。

1944年6月15日にアメリカの猛攻撃をうけ、ビーチの砂浜や山岳では歴史に残る激しい戦いが繰り広げられた。この攻撃を受け、30000人いた日本兵は1000人だけが生き残ったと言われている。非戦闘員10000人もほぼ全滅した。
7月にはアメリカが周辺諸島の支配権を握り、翌年にはテニアンから広島へ向けて原爆を積んだB-２９「エノラ・ゲイ」が飛び立った。
日本の敗北によりサイパンはアメリカの信託統治領となった。1986年にサイパンを含む北マリアナ諸島は、アメリカの自治領となり、現在に至る。